宫殿里面，在轮体中央部分和四轮辐上，各安置有如意宝宝座。每一宝座由五层部分构成。第一层是象征能满众生一切愿望的如意宝座基；第二层是具有象征四无畏力等功德的狮子、大象、骏马、金翅鸟和共命鸟等诸吉祥神物所举托的座台；第三层是象征无有垢染的莲花；第四层是象征智慧的日轮；第五层是象征方便的月轮。中央宝座端坐毗卢遮那如来佛父佛母（依无垢光尊者之说），东方宝座端坐不动如来佛父佛母，南方宝座端坐宝生如来佛父佛母，西方宝座端坐阿弥陀如来佛父佛母，北方宝座端坐不空成就如来佛父佛母。五部佛父佛母皆以国王与王后形式显现。
以主尊为中心，从东南方向开始，于四轮辐之间莲花、日、月三层宝座之上，各端坐地藏王和嬉女母、金刚手和宝鬘母、虚空藏和歌咏母、观世音和舞女母八位男女菩萨。自东南断隅开始，于莲花、日、月三层宝座之上，各端坐弥勒和香味母、除盖障和花女母、普贤和灯明母、文殊和香涂母八位男女菩萨。这些男女菩萨依菩萨坐式（右腿外伸、左腿弯曲），以大臣方式显现。在外面走廊东南、南方、西南、西北、北方和东北六个方位的莲花宝台之上，各有天道因陀罗导师（帝释）、阿修罗道毗摩质多导师（诤心王）、人道释迦牟尼导师、旁生道狮子善住导师、饿鬼道焰口得瓦导师和地狱道阿瓦牛头导师六类化生，他们以六道众生之王的身份辛勤努力度化众生，而以站立姿势表示。
在宫殿东南西北方位有四所门堂，各所门堂皆有日轮宝垫，有四门守护明王明妃——大威德明王和金刚钩母、大力明王和金刚索母、马头明王和金刚锁母、甘露漩明王和金刚铃母八位男女护法金刚。他们依愤怒金刚站式面向外部，以将军降伏邪魔形式表现。
以上本尊数量依次统计：五部佛父佛母共十位，男女菩萨共十六位，六道导师共六位，四门守护明王明妃共八位——总计四十位，再加上普贤王如来佛父佛母，合计就是四十二位寂静神尊。
普贤王如来佛父佛母所在方位，续部中说是在东西方。他们本为主尊位置，为何却安处于走廊眷属位置呢？就此续部经义，素尔巴派解释为：在传讲续论时，依据《大幻化网海续》所说，普贤王如来佛父佛母是安处于坛城中央主尊位置的。但是在构筑坛城时，因着重于意金刚幻化不动如来为主尊，他与普贤王如来相互调换，普贤王如来佛父佛母就安处在走廊位置。然而，全知无垢光尊者引用布玛莫扎大师的《宝灯论》“无住法界坛城中，即称普贤佛父母，由此幻化报身像，即是五部佛父母”中指出：在法身中本觉智慧安处于超越一切戏论状态之时，就称其为普贤王如来佛父佛母。本觉智慧于报身坛城中，则幻化成五部佛父佛母。由此，在大幻化网中，坛城主尊毗卢遮那实际上就是普贤王如来佛父佛母。所以，在这里就不必调换位置。
安处于走廊位置的普贤王如来佛父佛母是指“妙光现基”的普贤王如来佛父佛母。普贤王如来佛父是妙光能现，普贤王如来佛母是妙光现基，由他们显现坛城所有神尊形象。同样，在中阴阶段，也首先是清净法界妙光现空无别的状态表现成普贤王如来佛父佛母，然后，逐一显现寂怒本尊坛城。所以，主尊普贤王如来佛父佛母与“妙光现基普贤王如来佛父佛母”并非一事。因此，这里所谈到的妙光现基的普贤王如来佛父佛母是坛城能现之基，并不属于所现坛城神尊形象之范畴。所谓的走廊也不是无量宫殿的走廊，而是毗卢遮那如来佛父佛母之心间。
四十二神尊象征意义是：普贤王如来佛父佛母代表现空或觉空无别；五部佛父代表五蕴本际清净；五部佛母代表五大本际清净；地藏王菩萨等前四位菩萨代表眼识、耳识、鼻识、舌识四识本际清净；嬉女母等前四位空行母代表色、声、香、味四尘本际清净；弥勒菩萨等后四位菩萨代表眼根、耳根、鼻根、舌根四根本际清净；香味母等后四位空行母代表四时（过去、现在、未来、不定时）本际清净；六道导师代表六毒烦恼（五度烦恼与吝啬）本际清净；四门守护明王代表身触、能触、所触和触觉本际清净；四门守护明妃代表常见、断见、我见、执相见四见本际清净。
寂静本尊限定四十二位数量，是属于大幻化网中型坛城。而依照大型坛城，则五部佛父佛母各有八位菩萨眷属围绕。主尊与眷属共有五十位，加上十六位男女菩萨、六位导师、八位守护明王明妃和普贤王如来佛父佛母，合计八十二位神尊。小型坛城是由五部佛父佛母和八位守护明王明妃所构成，仅有十八位神尊。
